1893年，通过德国公使，安治泰获取了清朝三品官的顶戴，第二年，他又升为二品，这些都利于提升他的社会地位，许多本该由他做的教会工作如陶冶传教人员精神等，他却推托给了福若瑟。圣言会的其他传教士也乐于这样，安治泰“强烈的脾气”常常使这些传教士也感到“畏惧”。面对接连不断的民教冲突，福若瑟选择的方式是理解和忍耐，在单县，他被人用砖头砸伤，此时他却写信安慰安治泰：“我希望尊下不要过于忧虑，灾难是一种恩典，受苦是做使徒的人最珍贵的遗产。”在曹县，他被人拉着游行3公里，又被暴打了一顿，但是他并不恼怒，而是“利用这个喘气的机会给群众讲：我从来没有得罪过你们。你们这是什么样的欢迎我的方式；好在，我对你们一点都不介意”，就这样，福若瑟被用绳子捆着躺在地上，”宣讲了天主教的荣耀约15分钟。群众的怒气开始消了。一个人解开他的绳索，群众渐渐散去。”他还安慰和他一同挨打的中国传教员：“我们今天不是得了许多面子吗？我们有多么庞大的一群仪队。”
尽管如此，鱼龙混杂的教民与“外教人”之间的冲突仍在加剧。而外界对教会的仇恨也到处扩散。1897年11月2日清晨，在济宁的福若瑟突然接到一个惊人的消息：在巨野县磨盘张庄，韩理和能方济两位德国神父在昨天夜里被杀了。接到消息后的福若瑟马上起身，前往现场去查看此事，同时把情况报告给正在欧洲的主教安治泰。
没人关心那两个神父到底是谁杀死的。安治泰听到消息时正在荷兰参加圣言会总代表大会，他立刻赶赴柏林。11月7日，安治泰拜访了德国外交部，强调他希望“现在就利用这个机会占领胶州湾。”接着他去找了德国皇帝，继续强调：“这是德国在亚洲谋取地盘，以确立我们曾失去的威望的最后机会……不管付出什么代价，我们在任何情况下都不能放弃胶州。它在经济发展和工业方面都有前途，这种前途比今天的上海更大，也更有意义。”这些话正是德皇想听的，11月14日，德军就开进了胶州湾；俄国紧随德国，抢占了大连和旅顺口；英国要求租借威海卫，并提出协议租借香港对面的新界99年，划长江流域为英国势力范围；日本使福建成为势力范围；法国划中国西南为势力范围，同时租占了广州湾。
此外，安治泰又写信给德国外交部，拟就了要求中国政府赔偿巨野教案的条款三款：1、赔偿我们遭破坏的和被抢走的全部损失；2、偿还由于这个事件所产生的一切支出；3、在欧洲建筑师的领导下，建两座教堂，每个教堂都应挂有中国皇帝题词“敕建天主堂”；相比之下，福若瑟的要求太低了，他要求的赔偿不超过建造一座小圣堂的费用。当时的山东巡抚李秉衡觉得安治泰开出的价码太高了，以前他就常常遭受安治泰的敲诈，那时每有一个乡村教堂被毁，安治泰就夸大损失，李秉衡早就向总理衙门解释过这样的事：“名为教堂，实则破屋数间……主教复张大其词以告各国公使”，但现在他已没有能力和安治泰讨价还价，后者正在通过德国公使把他革职，并且要“永不叙用”。
福若瑟在磨盘张庄为被杀的两位传教士做了祈祷，当地政府已经逮捕了9名“凶犯”，并决定处死其中两个为圣言会被杀神父抵命。没有人相信他们是真正的凶手，11月1日也在磨盘张庄教堂遇险并且差点丧命的神父薛田资也不相信，忙着派兵到中国的德国政府也并不在意究竟谁是真凶。福若瑟等神父为那些被捕者到官府进行了申诉，但是“不幸的无罪者”还是被处决了。直到现在，这场“冤案”在磨盘张庄村还偶尔被提及，村里74岁的赵明运老人说，他解放前在教会学校念书时，就常常听长辈说，实际上杀死两个德国神父的是一个叫做刘德润的大刀会成员及他的伙伴。
巨野教堂的遗迹在今天的磨盘张庄已所剩无几，除了村口处的“巨野教案遗址”碑文外，就剩下一口当年教堂里的古井了，就在村民赵夫振家的院子里。教堂原有的9间瓦房，都在1966年被拆掉了，当时，“出于对传教士的愤恨”，以妇女为主的100多名群众奋力打倒了这个帝国主义的堡垒。
矗立在兖州市西御桥南路330号的兖州天主教堂在上世纪60年代时也曾遭受破坏，1983年经过修复后又重新开放。巨野教案发生后，安治泰、德国公使不断对清政府和地方官员施压，安治泰终于“被清朝官员接进了他在兖州的新居”，开始营建兖州天主教堂。1899年，高21米的大圣堂建成，从此，兖州教堂便成为圣言会的总堂和活动中心，安治泰实现了他的梦想，“让基督的荣耀照耀孔子的家乡”。与此同时，安治泰继续鼓动德国政府“为其教会利益采取积极行动”，1897年12月16日，德国皇帝又派遣他的兄弟率领第二支舰队开赴中国，并赠言：“如果有谁企图伤害我们，侮辱我们的权力，那么，你们应按上帝的意志挥着拳头前进。”面对德军压境，没有计策的总理衙门只能向朝廷诉苦：“德君又派其弟率领师船来华，用心实为叵测。该使所开教案六条，坚请照办，并无一语退还胶澳。臣等仅恃笔舌与争，苦无却敌之策……”以胶州湾为基地，1897年后德国势力继续向山东内地推进，之后因传教、筑路等事，日照、兰山、即墨、高密等地又不断发生冲突，对于此类事件，安治泰、薛田资等神父均努力请求德军以武力威胁和镇压。
结果
1887年11月13日，即"教案"发生后的第12天，德政府派军舰多艘，强行占领胶州湾，迫使清政府签订了丧权辱国的"中德胶澳租界条约".惩办了山东巡抚李秉衡，兖沂曹济道锡良，曹州镇台万德力.巨野知县许廷瑞等近十名地方官.赔银20万两，并在巨野，济宁，曹州等地建造教堂及传教士防护住所.从此山东成了德国的势力范围，正如当时日本外交时报所称:华政府于山东一举一动，皆受德人指使，似满洲之实权归俄人掌握彼山东之实权，亦将归诸德人矣.
巨野教案那一对小小的蝴蝶翅膀，终于在1900年演变成一场巨大的风暴，教会方面回忆起来，都说那是“恐怖和教难的一年”。这一年，德军开到高密，见到那里的妇女穿着红裤子，像是义和团的穿着，就举枪射击。刚到青岛的新教同善会德国传教士卫礼贤听到后非常震惊，赶紧到高密为德军解释，误解起源于德军不了解当地的民俗。
历史意义
"巨野教案"已成为历史长卷中的一页，它记载着中国人民反帝反封建斗色的光辉史迹.也饱含着外来侵略的欺凌和耻辱，这一切将被中华民族后世子孙永远铭记在心.可惜的是，磨盘张庄教堂于1967年被拆除，唯甫用的椅子，大床，教堂门窗幸存，为县文物管理所收藏，原教学遗址公存当年水井一眼.1977年，巨野教案遗址被公布为省级重点文物保护单位.
在德国国内，新教教徒和天主教徒之间则发生了一场激烈的论战，新教教徒们极力抨击安治泰，认为他应对义和团的兴起负责。福若瑟则在义和团发生前就说过一句后来“应验”的话：“我们及中国人最大的灾祸是一群群无道德，无信仰的欧洲人，他们云集中国各地。他们唯一的兴趣是金钱和享乐。他们的道德标准是零。无疑我们不信教的中国人比这些人渣要好百倍。”
1903年，安治泰前往罗马，带着教会内部对他“只对高层政治和特权感兴趣”的指控，他给教宗呈上了一份曲阜县令的礼物。第二天，一个送信员发现他躺在地板上一动不动——当天晚上他死了；听到消息的福若瑟，在山东为安治泰举行了隆重的安灵弥撒。1908年1月28日，56岁的福若瑟因服侍伤寒病者受到感染，在济宁城北的戴庄圣言会会院逝世，葬于那里的圣言会墓园。在后来的阳谷县，有一个老传教员，他常批评外国传教士，但是对于福若瑟神父，他没有任何异议，“福神父是个圣人”，他说，还有不少人这样形容福若瑟，“他像孔夫子，友善、端庄、谦逊，一切美德全集于一身。”
